位于東京西部的巨大“學園都市”在總人口達230萬人其中約8成是學生的這座都市中實施著超能力開發的特殊課程學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價 　　高中生上條當麻也是住在學園都市的學生之一他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”而被評價為名落孫山的“無能力”過著充滿不幸的人生 　　而上條的學生生活由于暑假開始時從天而降的純白修女而發生了巨大的變化自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始上條就被卷入了各種各樣的事件中統率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯的“魔法”方在驚險地解決雙方事件的過程中他的人際關系也逐步擴展之后魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教終于注意到上條的存在…… 　　如同呼應魔法方一般科學方的學園都市也有所動作但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現那些通過與上條有所關聯而使命運大為改變的“英雄”們 　　他們挺身而出與世界對峙如同上條當麻做過的那樣 　　科學與魔法第三次交織之時故事將大幅推進